Из-за угрозы уголовного преследования с 1 января 2020 года работа редакции Sputnik Эстония приостановлена, но в будущем сайт продолжит работу, заявили в МИА «Россия сегодня».
 
В декабре 2019 года эстонские силовые структуры в отправленных на их личные адреса письмах пригрозили сотрудникам Sputnik Эстония уголовным преследованием, если они до 1 января 2020 года не расторгнут свои трудовые договоры с МИА "Россия сегодня".
 
Свои действия власти страны объясняют санкциями, введенными Евросоюзом в 2014 году против ряда физических и юридических лиц из-за событий на Украине в число которых попал один из учредителей МИА "Россия сегодня".
 
О ситуации с давлением на СМИ в Эстонии были проинформированы в ООН, ПАСЕ, ОБСЕ, Совете Европы и других международных организациях. Президент России Владимир Путин, комментируя ситуацию вокруг Sputnik Эстония, заявил, что российские власти будут делать все, чтобы поддерживать Sputnik при работе в других странах. Преследование и попытки запугать журналистов Sputnik Эстония вызывают всё более широкий резонанс.
 
Действия официальных властей Эстонии в отношении Sputnik Эстония в МИА "Россия сегодня" назвали произволом. Главный редактор МИА "Россия сегодня", RT и Sputnik Маргарита Симоньян публично обратилась к эстонскому президенту Керсти Кальюлайд с призывом не допустить аресты журналистов. Генеральный директор МИА "Россия сегодня" Дмитрий Киселев заявил в своей программе "Вести Недели" на телеканале "Россия-1", что санкции против Sputnik Эстония создают опасный прецедент, который может вызвать цепную реакцию по всей Европе.
 
Глава Совета по правам человека при президенте РФ (СПЧ) Валерий Фадеев и уполномоченный по правам человека в РФ Татьяна Москалькова обратились с просьбой к канцлеру права Юлле Мадизе взять ситуацию под контроль и обеспечить журналистам Sputnik Эстония безопасные и благоприятные условия работы. В знак поддержки сотрудников Sputnik Эстония в соцсетях был запущен флешмоб #СпутникСила. 26 декабря свой брифинг представитель МИД России Мария Захарова провела в жилетке с логотипом Sputnik.
 
27 декабря 2019 года шеф-редактор Sputnik Эстония Елена Черышева от лица МИА "Россия сегодня" подала в полицию ходатайство о проверке оснований для применения санкций в отношении сотрудников редакции. Решение по нему должно быть получено в течение месяца.